Việc trả phí (Cost) (Nhật: コスト Kosuto; Trung: 支付 Zhīfù) là hành động cần phải được thực hiện để kích hoạt bài hoặc hiệu ứng bài, hoặc để giữ cho hiệu ứng bài được duy trì trên sân. Để tránh nhầm lẫn với "Yêu cầu Kích hoạt", người chơi phải thanh toán trả phí này trước khi kích hoạt bài hoặc hiệu ứng (nếu có).
Trả phí có nhiều loại. Ví dụ như.
- Trả bằng Điểm Gốc: Người chơi phải thanh toán phí này bằng Điểm Gốc để có thể kích hoạt bài hoặc hiệu ứng nào đó. (Vd như "Seven Tools of the Bandit" yêu cầu cần phải trả 1000 Điểm Gốc để kích hoạt).
- Trả bằng những hành động khác như Hi sinh, Vứt bỏ, đưa bài vào Mộ bài, loại ra ngoài, tách Nguyên liệu, ..v.v.. (Vd như "Madolche Anjelly" cần Hi sinh bản thân nó để Triệu hồi Đặc biệt quái thú, hoặc như "Lightning Vortex" cần vứt bỏ 1 lá bài trên tay để hủy quái thú của đối phương, hay như "Raiden, Lightsworn Assailant" cần đưa 2 lá bài trên đầu Bộ bài vào Mộ bài để tăng ATK..)
Nếu việc trả phí không được đáp ứng đủ (vd như có một hiệu ứng ngăn chặn việc trả phí, khiến người chơi không thể tiến hành trả phí), do đó không có phí được trả nên hiệu ứng không thể kích hoạt hoàn chỉnh. Vd như muốn kích hoạt hiệu ứng cần trả phí là đưa bài từ Bộ bài vào Mộ bài, trong khi "Macro Cosmos" đang trên sân, hiệu ứng đó sẽ không thể được kích hoạt.
Lưu ý rằng, Chi phí đã trả không thể được "hoàn vốn" lại khi hiệu ứng bị vô hiệu. Vd như bạn trả 2000 Điểm Gốc để kích hoạt "Solemn Warning" hòng vô hiệu việc Triệu hồi quái thú, nhưng đối phương kích hoạt "Dark Bribe" ngăn lại. Số Điểm Gốc đã trả đó không thể được hoàn trả lại.
Dựa theo PSCT, có thể phân biệt rõ ràng việc Trả phí này thông qua các dấu câu như ; (chấm phẩy) hoặc : (hai chấm).