I Mostri Fusione sono mostri di colore viola che vanno inseriti nell'Extra Deck e non possono stare nella Mano o nel Main Deck. Se l'effetto di una carta li dovrebbe portare nella Mano o nel Main Deck, vengono direttamente
Un esempio di Mostro Fusione: Terraferma EROE Elementale
mandati nell'Extra Deck. Tuttavia possono essere banditi e mandati al Cimitero. Nell'anime di Yu-Gi-Oh sono usate in varie occasioni. In Yu-Gi-Oh GX sono utilizzati potenti Mostri Fusione. In Yu-Gi-Oh 5D's sono utilizzati veramente di rado come nel duello di Yusei contro Jack dove quest'ultimo evoca "Golem Pezzo Multiplo" e di Yusei contro Jean, che contro quest'ultimo evoca "Drago Cavaliere Draco-Equiste". In Yu-Gi-Oh ZEXAL finora è stata effettuata una sola Evocazione per Fusione nel duello di Shark contro Kaito, dove viene Evocato il Mostro Fusione "Lucertola Gemella Fotonica".
Originariamente l'unico modo per Evocare tramite Evocazione per Fusione Mostri Fusione era di utilizzare la Carta Magia "Polimerizzazione". I mostri che venivano utilizzati per usare "Polimerizzazione" erano detti Mostri Materiale da Fusione.
Nei Duelli i Mostri Fusione non sono così flessibili nelle loro strategie come i Mostri Synchro o i Mostri Xyz, tuttavia hanno il vantaggio di non dover essere necessariamente sul Terreno. Vi sono alcuni Archetipi di mostri basati sulle Evocazioni per Fusione come gli Eroi Elementali e i Cyber Draghi.
Se un Mostro Fusione è stato Evocato Specialmente dall'Extra Deck, ma non tramite [[Evocazione per Fusione ( per mezzo di carte come "Metamorfosi" o "Cyber-Stein" ) e, in seguito, mandato al Cimitero, in qualsiasi modo non potrà essere rievocato a meno che non faccia ritorno nell'Extra Deck.
Alcuni Mostri Fusione, come ad esempio l'Archetipo VWXYZ e "Armityle il Fantasma del Chaos", non vengono evocati con la Carta Magia "Polimerizzazione", ma devono essere sul proprio Terreno e poi essere banditi per evocare il Mostro Fusione corrispondente. Esiste poi un altro tipo di Evocazione per Fusione che non richiede "Polimerizzazione", la cosiddetta Fusione Contatto, che si può effettuare solo mandando dal proprio Terreno nel Deck i Mostri Materiale da Fusione. Questo tipo di Fusione e tipica dell'Archetipo delle Fusioni di Neos EROE Elementale.
Sono pochi i Mostri Fusioni ad avere Condizioni di Evocazione. I Mostri Fusione Eroe Elementale devono essere Evocati solo tramite Evocazione per Fusione dall'Extra Deck. Altri devono invece essere Evocati solo con Mostri Materiali da Fusione che sono scritti sulla carta, non permettendo l'uso dei cosiddetti Mostri Sostituzione da Fusione. Sono molto rari i casi nei quali siano presenti entrambe le condizioni, come nel caso di "Neos dell'Arcobaleno".
Alcune famose carte di supporto per i Mostri Fusione sono "Prisma Eroe Elementale", "Arma Fusione", "Saggio delle Fusioni", "Re delle Paludi" e "Materiali a Catena".