Partie I: La Coupe des Débutants
Le jeu débute avec Seto Kaiba et Mokuba Kaiba parlant au sujet d´un pirate qui s´est infiltré dans leur système. Cependant, celui-ci se déconnecte avant qu´ils n´aient pu faire quelque chose contre lui. Vous commencez par choisir choisir un nom, une ville et un endroit à visiter que vous aimez. Finalement, Grand-Pére vous pose quelle que questions sur le genre de cartes que vous préférez. Certaines cartes de votre Deck de Départ vont dépendre des réponses que vous donnerez à ces questions. Faites des duels la nuit jusqu’à trouver Yami Yugi. Quand vous le trouvez, il vous met en garde de ne pas se balader la nuit et s´en va. Le jour après, vous recevez un e-mail de la KaibaCorp avec le même avertissement. Vous serez de temps en temps amenés à faire des duels des ténèbres en vous déplaçant la nuit. Une fois que vous avez vaincu Doxe et Sérénité Wheeler, Doxe va kidnapper Sérénité Wheeler la nuit. Triomphez de lui dans un duel des Ténèbres. Après cela, Para vous défiera de temps en temps la nuit dans des duels des ténèbres. Le jour après et une fois que vous aurez atteint le niveau 8, Mokuba Kaiba viendra vous réveiller en vous invitant à participer à la finale de la coupe des débutants. Le jour après que Mokuba Kaiba soit venu vous inviter, Roland viendra vous chercher pour aller à la finale de la coupe des débutants.
Partie II: La Finale de la Coupe des Débutants
La finale de la coupe des débutants se passe dans le bâtiment de tournois de la KaibaCorp. Une fois que vous êtes prêts à aller en finale, parlez à Roland. Vous devez affronter 2 adversaires dans la finale. Le premier duel est contre Joey Wheeler. Une fois que vous l'aurez battu, vous retournez dans la salle d´attente. Quand vous êtes prêt, parlez à Roland pour affronter Yugi Muto. Après avoir remporté vos deux matchs, Yugi Muto, Joey Wheeler et Roland vont vous féliciter pour votre victoire mais Roland vous informera que votre prix a été volé. Cependant vous recevrez 1000 KCP pour avoir remporter la finale de la coupe des débutants.
Partie III: Retrouver le Voleur
Yugi Muto et Joey Wheeler discutent au sujet du voleur. Ils décident de se séparer. Ensuite, vous pouvez chercher des témoins dans la ville. La plupart ne vous apporteront pas grand chose comme informations mais une fois que vous trouverez celui qui mentionne que le voleur a les cheveux blonds, Yugi Muto viendra à votre rencontre. Il se rendra ensuite au centre commercial. Allez-y à votre tour et vous y verrez Joey Wheeler accusant à tort Mai Valentine d´être la voleuse. Ils quitteront tous deux le centre commercial et vous devrez continuer à chercher jusqu’à la nuit et vous trouverez éventuellement Yugi Muto. Vous entendrez alors tous les deux un cri et courrez vers l´entrepôt. Joey Wheeler viendra juste de perdre un duel contre le voleur, Bandit Keith. Celui-ci vous défiera dans un duel des Ténèbres. Gagnez mais il dira qu´il n´est pas le voleur et s´enfuira. Quand vous vous réveillerez le matin suivant, vous verrez Seto Kaiba et Mokuba Kaiba en train de discuter. Ils décident alors de laisser les duellistes trouver le voleur. Seto Kaiba viendra alors vous réveillez personnellement et vous donnera une amélioration pour le disque de duel permettant de voir combien d´étoiles possède un duelliste avant de le défier. Le nombre d´étoiles détermine quelle force a le duelliste par rapport à vous. Comme cela varie en fonction de votre niveau le nombre d´étoiles des duellistes évoluera au fil du jeu. Faites ce que vous voulez jusqu’à la nuit et commencez à chercher un duelliste avec à peu près 3 étoiles. Une fois que vous avez trouvé Bandit Keith, vous serrez interrompu par Maximillion Pegasus qui vous défiera dans un duel des ténèbres. Battez le pour récupérer le prix de la coupe des débutants. Seto Kaiba arrivera pour vous inviter vous et Yugi Muto à la coupe des experts. Joey Wheeler y participera évidemment.
Partie IV: La Coupe des Experts
Le matin après l´invitation de Seto Kaiba, vous irez immédiatement à bord du train pour la ville suivante. Une fois arrivé, Seto Kaiba explique que le gagnant de la coupe des experts sera sacré roi des jeux. Trouver et Battez Ishizu Ishtar 3 fois pour débloquer Yami Bakura comme adversaire. Il apparaîtra aléatoirement quand vous défierez Bakura Ryou la nuit. Le matin une fois que vous aurez atteint le niveau 12, vous recevrez un e-mail au sujet de la finale de la coupe experts et une fête au manoir Kaiba. Si vous allez au manoir le jour, vous verrez que la porte est fermée. Continuez à vous battre en duel jusqu’à la nuit du jour suivant. Roland vous amènera au manoir Kaiba à la nuit tombée. Une fois arrivé au manoir Kaiba, Mokuba Kaiba interrompra Roland pour faire une annonce. Il est en fait contrôle par Noah Kaiba qui a l´intention de détruire le monde. Vous devrez alors trouver et battre les 5 membres de l´ordre afin de sauver le monde. Chaque membre a 5 étoiles. Cherchez dans la deuxième ville et une fois que vous aurez battu 4 des 5 membres.Trouver le dernier membre et vous serez emmené à la base militaire de Noah Kaiba sous la forme de Mokuba Kaiba. battez ensuite Noah Kaiba lui-même. Vous devrez alors affronter Gozaburo Kaiba mais attention il faut le battre en 20 tours maximum car sinon c´est Game Over. Lorsque vous vous retrouverez au manoir Kaiba. Vous vous rendrez ensuite à l´endroit de la finale de la coupe des experts.
Partie V: La Finale de la Coupe des Experts
La finale de la coupe des experts se passe dans un endroit différent du bâtiment de tournois de la KaibaCorp. Une fois prêt parler à Roland. Vous aurez 3 adversaires à battre dans les matchs cette fois. Vous serez aussi obligé de regarder les matchs des autres joueurs. Vous devez affronter Rebecca Hawkins, Yami Bakura et Yami Yugi. Remportez vos 3 matchs et vous serez sacré roi des jeux. Votre prix comprend 2000 KCP et 3 cartes rares mais en plus vous aurez la possibilité d´avoir au maximums une carte interdite dans votre deck, évidemment tous vos adversaires auront aussi cette possibilité. Aller dormir.
Partie VI: Les Rare Hunter
Cette partie est consacrée aux Rare Hunter l´anime Yu-Gi-Oh!. L´histoire est très similaire. Une fois cette partie commencée, vous serez régulièrement défié par les Rare Hunter la nuit. Trouver une fois de plus Ishizu Ishtar. C´est certainement la partie la plus attendue du jeu car c´est à ce moment que vous aurez l´occasion d´avoir une carte de dieux égyptien. Elle vous demandera "Force ou Unité" (Choisissez Force pour avoir "Obelisk, le Bourreau", choisissez Unité et vous aurez "Slifer, le Dragon Céleste"). Vous devrez alors affrontez Seto Kaiba et le gagnant remporte la carte de dieu, l´autre ira à Yugi Muto. Ishizu Ishtar explique alors que la 3ème carte de dieu a été volée et elle vous demande de la retrouver. Après avoir reçu une carte de dieu, vous serez souvent défié par les Rare Hunter la nuit. Après quelques duels contre les Rare Hunter, cherchez un icône de dueliste sans étoile dans la deuxième ville pour trouver Marik Ishtar. Il vous complimentera mais refusera de se mesurer à un dueliste si puissant. Battez vous la nuit jusqu´à être stoppé par Rare Hunter. Il utilise un deck Exodia alors attention. Battez le et Yugi Muto viendra vous parler. Cherchez Joey Wheeler (à peu près 4 étoiles) pendant la journée dans la deuxième ville. Il est sous le contrôle de Marik Ishtar. Gagnez pour en apprendre plus sur le plan de Marik Ishtar. Trouver Yami Yugi (à peu près 5 étoiles) pendant le jour. Téa Gardner apparaitra mais elle est aussi sous le contrôle de Marik Ishtar. Elle s´enfuira ensuite. Cherchez la (1 étoile) et battez la. Yami Yugi arrive pour vous dire de vous méfier des gens bizarres. Trouver Odion (à peu près 3 étoiles) dans la deuxième ville, il prétend être Marik Ishtar. Il est un des seuls Rare Hunter qui ne vous défie pas quand vous vous déplacez. Quand vous l´aurez battu Marik Ishtar révellera qu´il est Yami Marik est prendra le contrôle de son corps. Trouvez Joey Wheeler une fois de plus (à peu près 4 étoiles) dans la deuxième ville. Trouvez Yami Yugi (à peu près 5 étoiles). Vous l´informez sur Joey Wheeler et il se rend compte qu´une égalité pourrait le libérer. Il vous donne alors 2 cartes pour vous aidez à cette tâche. Trouvez Joey Wheeler une fois encore dans la deuxième ville. Cette fois il accepte de se battre contre vous. Gagner ou perdre contre lui entrainera automatiquement "Game Over", il faut obligatoirement faire une égalité. Vous avez tout le temps avant d´engager le combat contre Yami Marik alors préparez-vous correctement. Cherchez la nuit un dueliste à 5 étoiles. Défiez-le mes assurez-vous d´avoir votre carte dieu égyptien dans votre deck car vous devez réduire ses points de vie à 0 avec elle.
FIN