Le Side Deck (Deck auxiliaire) est un Deck séparé que le joueur peut utiliser pour changer des cartes de son Deck durant un Match. Le Side Deck peut contenir tous les types de cartes.
Après chaque Duel d'un Match, les joueurs peuvent échanger des cartes de leur Side Deck avec des cartes de leur Main Deck et/ou Extra Deck afin d'adapter leur stratégie à l'adversaire. Le Side Deck peut contenir un maximum de 15 cartes. Le nombre de cartes dans le Side Deck avant et après les changements de cartes doit toujours être le même.
Note : A chaque début de BO3 ou +, la première manche du duel se réalise sans side deck.