La main d'un joueur est où le joueur garde les cartes qu'il n'a pas encore utilisé. Depuis la main, les monstres peuvent être Invoqués ou Posés et Magies/Pièges peuvent être activés ou Posés. Cartes dans la main sont souvent aussi défaussées pour activer une carte ou un effet.
Les cartes piochées du Deck sont placées dans la main, et il y a beaucoup de cartes et effets qui peuvent placer une carte dans la main. Seulement les cartes qu'un joueur possède peut être placé dans la main, mais c'est possible (et pas commun) pour une carte d'être placé dans la main de l'adversaire par un effet de carte.
Il y a une limite de cartes qu'un joueur peut avoir dans la main (6 par défaut). Durant son End Phase, si la main d'un joueur dépasse cette limite, il doit défausser des cartes jusqu'à ce qu'il ait le bon nombre.