Mélanger est l'acte de changer aléatoirement l'ordre de cartes dans le Main Deck. Au début d'un Duel, et après n'importe quel effet qui permet un joueur de regarder son Deck, le Deck doit être mélangé de nouveau.
Le Deck doit être mélangé en plein vue de l'adversaire et des juges présents. Après mélanger, l'adversaire doit couper le Deck (le séparer en deux ou trois piles égaux et le rassembler) avant de le retourner au propriétaire.