El efecto Reversa Cero fue causado por una sobrecarga intencional del sistema Ener-D. El resultado de esto llevó a una energía negativa que fue enviada a la Tierra en forma de una enorme cantidad de energía oscura. El primer sistema de Ener-D desarrollado 17 años antes de Yu-Gi-Oh! 5D's sufrió este problema, que dio lugar a un cambio tectónico desastroso, el cual dividió la Ciudad de Nueva Domino en dos. Así, un canal en el inframundo donde los Inmortal Terrestre estaban sellados fue abierto, lo que les permitió extender su influencia sobre los elegidos por los propios dioses.
Más tarde se reveló que había sido un plan realizado por una parcela establecida por Yliaster en su ambición de destruir todo rastro de Ener-D, citándolo como un error en la evolución humana. Yliaster trató de destruir la ciudad de Nueva Domino mediante la creación de una explosión similar a la Reversa Cero usando el Templo Divino. Un accidente semejante ocurrió en el futuro del que Z-ona, Aporia, Antinomia y Paradox provenían con un reactor más avanzado y más grande, destruyendo la mayor parte del mundo o casi entero.
Se reveló que los principales desarrolladores dentro de la sección de investigación de KaibaCorp eran los padres de Yusei Fudo y que ambos perdieron la vida durante el incidente catastrófico. El líder de los Portadores Oscuros, Román Goodwin, estaba involucrado en el proyecto, junto con su hermano Rex Goodwin, siendo ambos asistentes por aquel entonces. Más tarde, Román dice a Yusei y los demás que el profesor Fudo (el padre de Yusei) quería cancelar la investigación del Ener-D, ya que en ese momento el sistema en sí era bastante inestable. Además, llegó a la conclusión de que podía haber un accidente. Sin embargo, su petición de cancelar el proyecto fue totalmente rechazada por su patrocinador. Con el profesor sin cooperar, la investigación terminó siendo entregada a Román, quien desempeñó el papel de nuevo jefe de desarrollo. Todo esto condujo en última instancia a la ocurrencia de los hechos, dado que el mismo Román fue elegido como uno de los Salvadores hace 17 años. Por desgracia, había decidido tomar el camino de la oscuridad, por lo que en lugar de eso optó por convertirse en un Portador Oscuro. Con el fin de renacer como uno, Román se suicidó por la sobrecarga del sistema que en última instancia condujo a la catástrofe.
Como ya se ha dicho, el incidente también llevó a la separación de Ciudad Domino en Ciudad de Nueva Domino y Satélite, siendo esta última la zona más afectada por la liberación de energía. Se dijo al público que los hechos fueron causados únicamente por un desastre natural con el fin de encubrir los hechos. Uno de los líderes de la sección de investigación (probablemente Rex Goodwin) sobrevivieron al accidente y se hizo cargo del Sector de Seguridad, y creó la historia para encubrir los verdaderos hechos, tomando todas las medidas posibles para asegurar que nadie descubriera accidentalmente lo que realmente sucedió.