Una carta Rara Secreta se identifica por tener el nombre de color plateado y la imagen con un Holograma único conocido como Holograma Paralelo (nombrado paralelo hasta el punto de afectar la imagen). Con el lanzamiento de La Revolución de los Duelistas el Paralelo se hizo más nítido y el espacio se redujo. En las primeras ediciones impresas y en algunas Latas de Colección, las cartas Rara Secreta algunas veces se "desbordaban", creando una delgada película alrededor de las letras. Este desbordamiento ha provocado que algunas cartas sean Super Raras.
La rareza Rara Secreta fue suspendida debido al uso excesivo de balanzas electrónicas, sin embargo, fueron reintroducidas en Sobre de Expansión Golpe de Neos. En la actualidad, las probabilidades de encontrar una Rara Secreta en un Sobre de Expansión es de 1:31, con la excepción de Promo Pack - Premium Pack 1, Promo Pack - Paquete Premium 2 y en los Sobres de Expansión de Arsenal Secreto, ya que la promoción fijada para los Premium es de 2:1 por Rara Secreta y 3:01 para Super Rara, mientras que en Arsenal Secreto la relación de Rara Secreta es de 1:1 y de Super Raras es de 4:1. La relación de las cartas Rara Secreta ha cambiado poco: 1:23 desde el lanzamiento del Sobre de Expansión Luz de la Destrucción.