Las Finales de Ciudad Batallas o Historia 5: Ciudad Batallas (parte 2) (
Este arco continúa con las semifinales y finales del torneo de Ciudad Batallas después de que fuera interrumpido por los sucesos ocurridos durante el arco del Mundo Virtual.
Cronología[]
Joey a punto de recibir el golpe final de Marik.
El dirigible de la Corporación Kaiba llevó a los finalistas a la Torre de Duelos para la final del torneo de Ciudad Batallas. Yugi cambió a Yami Yugi para determinar los enfrentamientos de las Batallas Reales, terminando con Kaiba como su adversario.
Yugi trató de detener a Joey de enfrentarse a Marik. Sin embargo, Yami le recordó que Joey aceptó el Duelo sabiendo que sería un Juego de las Sombras y nadie podía detenerlo. Yugi se preocupó por Joey y se preguntó si había algo que pudieran hacer para ayudar. Sin embargo, Yami le aseguró a Yugi que esta era la pelea de Joey y que podía ganar con su apoyo. Después de que Joey perdiera, Yugi prometió que no perdería a Joey en el Reino de las Sombras. Más tarde, junto a la cama de Joey, le rogó que no muriera. Yugi se culpó a sí mismo, diciendo que en lugar de eso él debería haber enfrentado a Marik. En el pasillo, Yugi lloró más y consideró detener los Duelos, pero Yami lo convenció de que no debían rendirse y dejar que Marik ganase. Yami tuvo la idea de usar el Collar del Milenio para ver qué pasaría. Él y Yugi miraron hacia el futuro, donde vieron a Yami y Joey preparándose para el Duelo.
Más tarde, Yugi se enfrentó a Kaiba en la segunda ronda de la semifinal como Yami Yugi. Ambos se las ingeniaron para vencer a Kaiba y, tras ello, se enteraron de que Joey se encontraba bien. Yugi y Yami obtuvieron la carta de "Obelisco el Atormentador" de Kaiba a través de la regla por la cual ambos apostaban una carta de igual valor, en este caso, sus cartas de Dios Egipcio.
Yugi y Kaiba se enfrentan junto con sus monstruos As.
Yugi y Yami vieron a Joey enfrentarse a Kaiba en un tercer puesto de las eliminatorias. Ambos acordaron que Joey era un gran Duelista y que habría derrotado a Marik de no ser que su Duelo se hubiera convertido en un Juego de las Sombras. Ambos notaron que el Rompecabezas del Milenio actuaba de manera extraña y vieron el reflejo de Téa Gardner en él. Dejaron el Duelo para encontrar a Téa, quien fue poseída por el Marik original para enfrentarse a Yami Marik. En la cima de la Torre de Duelos, encontraron a Téa, Marik e Ishizu Ishtar. Ishizu explicó que Téa estaría bien y que el lado bueno de Marik todavía vivía en la mente de Téa.
Antes de enfrentarse a Marik, Kaiba le dio a Yugi la carta "Santuario del Demonio", la cual Kaiba tenía la intención de usar contra el propio Marik. El Duelo final de Yami Marik y Yami Yugi fue un Juego de Sombras, donde Yugi Muto y Marik Ishtar fueron sacados de sus cuerpos y flotaron junto a ellos en forma de espíritu. Yugi y Marik fueron atados por sus muñecas e iban desapareciendo cuando sus "Yami" perdían LP (en la versión de 4kids, fueron absorbidos gradualmente en el Reino de las Sombras.) Si Yami Yugi perdía, Yugi se desvanecería y el Faraón dejaría de existir.
Yugi animó a Yami durante todo el Duelo. Incluso instó a Yami a pagar LP para mantener activo el "Santuario del Demonio", sabiendo que haría desaparecer parte de su cuerpo. Yugi insistió en que debían poder ganar sin hacer que Marik desapareciese. Sin embargo, Marik poseía aún a Téa y le dijo a Yugi que no dudara, puesto que él estaba preparado para morir. En ese punto dejó de culpar a ambos Yugi por la muerte de su padre (en la versión de 4Kids Entertainment, Marik dijo que no se preocupasen por protegerlo, pues quería vencer su lado oscuro a toda costa).
Todos los monstruos de Yugi se unen con "Ragnarok" para derrotar a Ra.
Yugi estaba seguro de que Yami Marik iba a fusionarse con "El Dragón Alado de Ra" por segunda vez en el Duelo y le recordó a Yami Yugi que se convertiría en un monstruo y tendría la debilidad de una Carta de Monstruo. Con eso en mente, Yami Yugi logró usar "Ragnarok", que destruiría a "Ra". Mientras Yugi se preguntaba si esto causaría la desaparición de Marik, Odion Ishtar apareció. Como Odion había estado manteniendo a Yami Marik alejado, su retorno permitió que el habitual Marik recuperara el control de su cuerpo e instó a Yami a atacar. Los Yugis continuaron utilizando el efecto de "Ragnarok", el cual que destruyó a "Ra" e hizo que Marik y Yami Marik cambiaran de lugar. Con sólo 1 LP restante, sólo quedó el ojo de Yami Marik. Marik entonces se rindió causando que Yami Marik desapareciera y Yugi ganara el Duelo.
Como anfitrión, Kaiba felicitó a Yugi por ganar (en la versión de 4Kids Entertainment, añadió que Yugi sólo ganó porque Marik se rindió.) Marik informó a Yugi que sin su lado oscuro, las almas de Mai Valentine y Ryo Bakura deberían ser liberadas y le dio "El Dragón Alado de Ra" debido a la regla de la apuesta. Marik entonces le mostró a Yugi los jeroglíficos tallados en su espalda, explicando que el secreto del poder del Faraón estaba escrito allí, y quienquiera que tenga las tres cartas divinas egipcias puede desbloquear ese secreto. Con su misión cumplida, Marik entregó el Cetro del Milenio y el Sortija del Milenio a Yugi.
Kaiba anunció que iba a volar por los aires la Torre de Duelos y dio a todos una hora para evacuar. Yugi y sus amigos regresaron al dirigible y encontraron que Mai y Bakura estaban bien, pero no había señales de los hermanos Kaiba allí. Con el dirigible dañado por escapar de la fortaleza de Noah Kaiba y sin que nadie pudiera encontrar a los Kaibas, todos los demás abordaron el helicóptero de la Corporación Kaiba. Al irse, vieron que Kaiba y Mokuba habían escapado en su jet Dragón Blanco de Ojos Azules.
Joey y Yugi tienen un último Duelo.
De vuelta en la Ciudad Domino, Yugi y sus amigos se despidieron de la familia Ishtar, Duke y Mai. Después, en Kame Game, Yugi y Yami Yugi montaron un Deck e incluyeron al "Dragón Negro de Ojos Rojos" que Joey les dio. Al amanecer, los Yugis se encontraron con Joey en la plaza para un Duelo final para concluir su aventura de Ciudad Batallas.