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La Escuela es el primer arco argumental del primer manga y de la primera serie de anime de la productora Toei Animation. Es en este arco argumental donde de presentan a los principales personajes de la serie, siendo el protagonista de ellos Yugi Muto. A continuación se muestra un gráfico de las posiciones de los capítulos que abarca este arco, es decir, desde el primero hasta el número 26:
Anime (Toei)[]
Yugi con el Rompecabezas del Milenio.
En la escuela, mientras Yugi trabajaba en el Rompecabezas del Milenio, Jonouichi le quitó el rompecabezas a Yugi y comenzó a burlarse de él. Honda entró y comenzó a regañar a Jonouchi. Jonouchi logró robarle una pieza antes de que Anzu llegara. Anzu recuperó el rompecabezas y le dijo a Jonouchi que se fuera. Honda se fue poco después para comprar el almuerzo de Miho Nosaka y Jonouchi lo siguió para escapar de Anzu. Yugi contó a Anzu lo que sabía sobre el Rompecabezas del Milenio y cómo creía que se le concedería un deseo después de resolverlo.
El vigilante de pasillo, Ushio, creía que Yugi y Jonouchi estaban siendo intimidados, aunque Yugi lo negó en todo momento. Ushio asumió la responsabilidad de ser el guardaespaldas de Yugi y golpeó a Jonouchi y Honda al día siguiente. Yugi protestó, pero Ushio bromeó acerca de que Yugi los hubiera llamado amigos y le impuso una tarifa de guardaespaldas de 200.000 yenes.
Aquella misma noche, mientras intentaba pensar en cómo pagarle a Ushio, Yugi trabajó en el Rompecabezas, avanzando rápidamente. Se dio cuenta de que faltaba la última pieza y volvió a la escuela para ver si la había dejado allí, pero desgraciadamente se topó con Ushio. Como Yugi no pudo pagarle, fue golpeado. Honda y Jonouchi vieron a Yugi siendo atacado e intervinieron. Jonouchi dio a Yugi la pieza faltante del rompecabezas, mientras él y Honda intentaron luchar contra Ushio, pero fueron golpeados nuevamente. Yugi logró terminar el rompecabezas, mientras yacía apenas consciente.
El cuerpo de Yugi se convirtió en el anfitrión de Yami Yugi, quien fue tras Ushio y lo derrotó en un Juego de las Sombras. Al día siguiente en la escuela, Yugi no recordaba lo que sucedió después de resolver el rompecabezas. Encontró a Jonouchi, quien respondió el enigma de Yugi, algo que puedes mostrar, pero que no puedes ver, diciendo que era la amistad y le dijo que ellos eran amigos.
Anzu es tomada como rehén por "la Araña Amarilla".
Más tarde, Yugi y sus amigos notaron que Anzu estaba actuando sospechosamente y evitando caminar a casa desde la escuela. Posteriormente, Miho y Honda comenzaron a actuar como tal, lo que llevó a Yugi y Jonouchi a investigar. Un día siguieron a los otros tres a casa y los encontraron trabajando en Burger World. Una disputa entre los convictos escapados, Tetsu Tasaki y Jiro "la Araña Amarilla" en el restaurante, resultó en que Anzu fuera tomada como rehén. Todos los demás se tumbaron en el suelo, excepto Yugi, quien se acercó para servirle como si de un camarero se tratase. Yami Yugi tomó el control del cuerpo de Yugi y se enfrentó a Jiro en un Juego de las Sombras. Anzu pensó que su voz sonaba como Yugi, pero sus acciones y valentía eran completamente diferentes. Yami Yugi derrotó a Jiro, salvando a Yugi y Anzu.
Tiempo después, Yugi leyó en el periódico que habría una exposición egipcia en el museo. Como su abuelo conocía al Profesor Yoshimori, uno de los arqueólogos que descubrieron la tumba, Yugi puedo ir gratis e invitó a sus amigos también. Anzu señaló que Egipto era de donde vino el Rompecabezas del Milenio y le recuerdó a Yugi que su abuelo había dicho que todos los arqueólogos involucrados en la búsqueda del rompecabezas habían fallecido en misteriosas muertes. Yugi aseguró a sus amigos que no estaba maldito, pero admitió que sufría pérdidas de memoria.
Fuera del museo, se presentaron al Profesor Yoshimori. Yoshimori, a su vez, les presentó al Profesor Kanekura, quien rogó a Yugi que le dejara exhibir el Rompecabezas del Milenio por el día. Durante la exposición, Yugi no se sientió bien sin el Puzzle.
Shadi juzgó el alma de Kanekura por perturbar el alma sagrada del dios que yacía dormido, jugando un Juego de las Sombras y usando la Balanza del Milenio. No había verdad en la habitación del alma de Karakura y este fue devorado por el monstruo que habitaba en la habitación de su mente.
Yugi volvió posteriormente para recoger su rompecabezas. Pero, incapaz de encontrar a Kanekura, se encontró con Shadi y le explicó lo que estaba buscando. Shadi se sorprendió al saber que Yugi podía ser quien resolvió el rompecabezas. Para comprobarlo, usó su Llave del Milenio para mirar dentro del cuarto del alma de Yugi. Sin embargo, encontró dos habitaciones, una para Yugi y otra para Yami Yugi.
Shadi dejó la mente de Yugi después de que Yami Yugi lo derrotara. Devolvió a Yugi el Rompecabezas, diciendo que no había necesidad de agradecerle porque estaba en deuda, ya que el otro yo de Yugi lo había salvado. Yugi se rió de la idea de que pudiera haber otra persona viviendo dentro de él.
Anzu es controlada por Shadi.
Cuando Shadi volvió, fue tras el profesor Yoshimori, por las mismas razones por las que fue a buscar a Kanekura. Yoshimori debía ser sometido a juicio ante los ojos de Anubis, pero Yoshimori estaba asustado y retrocedió y se cayó por una ventana mientras el abuelo de Yugi acudía en su ayuda.
Shadi fue a buscar a Yugi para saldar cuentas con su otro lado al entrar en la sala de la mente de Anzu y tomar el control de ella. Al día siguiente, Shadi hizo que Anzu intentara hacer aparecer al otro Yugi hiriendo a Yugi. Como eso no funcionó, intentó de otra manera, poniendo en juego la vida de Anzu. Cuando Yami Yugi apareció, Shadi explicó las reglas del juego que iban a jugar. Después de derrotar a Shadi nuevamente, rescató a Anzu.