Las cartas Edición Limitada se imprimen con un número muy limitado, como las que se dieron en la compra de 1 boleto en Yu-Gi-Oh! La Película: La Pirámide de la Luz estrenada en 2004, o las que se regalaron en Yu-Gi-Oh! 3D: Lazos a través del Tiempo, pero también las podemos encontrar en paquetes y latas de colección o paquetes promocionales.
Ahora también se entrega una carta de Edición Limitada a los participantes de los Sneak Peek.