El Dr. Fudo es el padre de Yusei Fudo y esposo de la señora Fudo.
Fue el principal desarrollador del R.R.D Reactor de Ener-D y fue asesinado en el efecto del reverso cero. Su posición de liderazgo del R.R.D. se debió al hecho de que él era el líder detrás de la investigación sobre la "partícula planetaria", que hace 17 años era la partícula necesaria para el desarrollo de la tecnología de Ener-D.
Esta investigación consistió en el engranaje planetario, que es aquel capaz de unirse a otras partículas. El Dr. Fudo nombró a su hijo, Yusei Fudo, en honor de esta partícula, que debe su nombre al Yuusei Ryuushi (Engranaje Yuusei), ya que él quería que su hijo fuera capaz de unir a las personas.
Rex Goodwin lo menciona poco antes de que Yusei y los otros estuvieran a punto de viajar a bordo de un helicóptero por Satélite. Él le dice a Yusei que él y Román Goodwin, el hermano mayor de Rex, fueron los asistentes del Dr. Fudo.
Más tarde, Román dice a Yusei y los otros que el profesor Fudo quería cancelar la investigación de Ener-D, debido a que ya sospechaba que su rotación era muy inestable. Además, se dio cuenta de que podría haber un accidente (como ocurrió, él estaba en lo cierto). Sin embargo, su cancelación propuesta fue rechazada por la ciudad, haciendo que el profesor Fudo fuera quitado del proyecto y sustituido por Román.
Poco después, Román anula el sistema que conduce al incidente de la Reversa Cero. El último acto del Dr. Fudo fue salvar a su pequeño hijo, Yusei, expulsándolo desde el área de desarrollo de Ener-D en una cápsula de escape inmediatamente antes de ser asesinado por la explosión de energía negativa (en la versión en inglés, había desaparecido antes de que el reactor de Ener-D comenzara a funcionar mal, liberando toda la energía negativa).
Más tarde, Mina Simington revela a los Salvadores que el padre de Yusei le entregó las cartas de "Dragón Rojo Archidemonio", "Dragón de Polvo de Estrellas" y al "Dragón de la Rosa Negra" a Rex Goodwin, de modo que su correspondiente Salvador podría sellar las unidades de control del reactor de Ener-D. Ella dice que él los obtuvo de Román, inmediatamente después de ser dado de alta del proyecto. Cuando Román mostró los cuatro monstruos dragón que el profesor Fudo, incluyendo a "Dragón Hada Antiguo", el Dr. Fudo se las arrebató y salió corriendo. Sin embargo, le dispararon durante su huida, por lo que "Dragón Hada Antiguo" se le cayó de las manos, de manera similar a cómo el dragón fue arrastrado por "Uru" hacia abajo y sellado en las Líneas de Nazca. Más adelante, dicha carta sería recuperada por Román Goodwin, pero este, en lugar de deshacerse de ella o destruirla (con lo cual habría podido impedir que los Salvadores pudiesen activar las unidades de control del reactor de Ener-D y derrotaran a los Portadores Oscuros) decidió guardarla, y algún tiempo después se la entregaría a Devack para establecer su eventual encuentro con Luna, quien a su vez lograría hacerse con ella luego de derrotar a Devack, después de su Espíritu de Duelo decidiera voluntariamente luchar junto a Luna para derrotar a los Portadores Oscuros.
Espíritu del Dr. Fudo en el reactor original de Ener-D