Die Schadensberechnung ist ein wesentlicher Bestandteil im Spiel und erfolgt während des Damage Steps in welcher die ATK des angreifenden Monster mit dem entsprechendem Wert des verteidigenden Monsters verglichen wird, ATK wenn das verteidigende Monster in der Angriffsposition liegt und DEF wenn es in der Verteidigungsposition ist.
Liegen beide Monster in der Angriffsposition werden die ATK-Werte miteinander verglichen und das Monster mit dem höheren Wert gewinnt den Kampf und zerstört das Monster mit den niedrigeren ATK und der Besitzer des zerstörten Monsters erhält Schaden in höhe der Differenz der ATK der beiden Monster, bei Gleichstand werden beide Monster zerstört.
Liegt das verteidigende Monster in der Verteidigungsposition wird der ATK-Wert des angreifenden Monsters mit dem DEF-Wert des verteidigendem Monsters verglichen. Sollte der DEF-Wert des verteidigenden Monsters gleich oder höher sein als die ATK des angreifenden Monsters verbleiben beide Monster auf dem Spielfeld und der Besitzer des angreifenden Monsters erhält Schaden in höhe der Differenz der ATK des eigenen Monsters und den DEF des gegnerischen Monsters. Sollte der DEF-Wert des verteidigenden Monsters niedriger sein als der ATK-Wert des angreifenden Monsters wird das Monster in Verteidigungsposition zerstört und es findet keine Schadensberechnung statt, außer das angreifende Monster fügt durch einen Effekt durchschlagenden Kampfschaden zu, dann erhält der Besitzer des zerstörten Monsters Schaden in höhe der Differenz der DEF des eigenen Monsters und den ATK des gegnerischen Monsters.