Im Extra Deck findet sich Platz für insgesamt 15 Karten. Dort befinden sich die Fusionsmonster, Synchromonster, Xyz-Monster und Linkmonster.
Auch landen Pendelmonster auf dem Extra Deck statt auf dem Friedhof.
Es wird empfohlen das Extra-Deck-Limit von 15 auszunutzen, um möglichst viele Möglichkeiten für verschiedenste Beschwörungsformen zu haben.
Das Extra Deck befindet sich links unten unter dem Feld für Spielfeldzauber.